Кому он машет? Ведь ясно же, что никого вокруг? Получается, это прихоть художника?

Отнюдь. Айвазовскому была известна старинная примета. Когда люди в море пытались привлечь к себе внимание богов, они использовали именно красную тряпку, ею махали. Так что человек на картине действительно взывает о спасении, но обращается он к Всевышнему, ибо уповать ему более не на кого.