Есть несколько ответов на этот вопрос, один из них, скажем так, мрачно-мистический.
Во времена Петра Великого матросов на корабли старались брать, как «на подбор», не менее и не более шести футов. Если матрос умирал или погибал, его заворачивали в саван и предавали морю. При этом к ногам привязывался груз веревкой длиной чуть менее фута. Итого – без малого семь. Поэтому пожелание «семь футов под килем» связано исключительно с забой об усопших – чтобы пройти над ними, не потревожив их покой.

Есть и другие версии, но каким и бы они ни были, пожелание семи футов под килем звучит оптимистично.